Capela Seminarului [foto] este principalul laborator duhovnicesc al școlii. Aici se desfășoară în primul rând activitățile spirituale ale elevilor, dar și activități de practică liturgică, întâlniri duhovnicești, spovedania, și altele. Capela formează miezul spiritual al Seminarului. Ea a fost gândită dintru început ca făcând corp comun cu școala și cu celelalte părți ale acesteia, arătând că de fapt în această instituție toate dimensiunile activității ei trebuie înduhovnicite.
Hramul capelei, Sfinții Împărați Constantin și Elena a fost stabilit încă din mai 1998 de către Preafericitul Părinte Patriarh Daniel, pe atunci Mitropolit al Moldovei și Bucovinei, când a pus piatra de temelie a viitoarei clădiri a Seminarului. Până la instalarea Seminarului în noul sediu, programul liturgic al comunității didactice se desfășura la Capela Sfinții Trei Ierarhi a Școlii Normale Vasile Lupu. [foto] Aceeași Școală Normală Vasile Lupu a găzduit în întregime activitatea Seminarului până în anul 2004, când s-a produs marea schimbare.
Faptul că Seminarul poartă numele Sfântului Vasile cel Mare, iar în același timp Sfinții Trei Ierarhi sunt ocrotitorii tuturor școlilor teologice ortodoxe, a făcut ca treptat să fie adoptat indirect ca un al doilea hram și sărbătoarea Sfinților Trei Ierarhi.
Capela a fost proiectată de arhitectul Iulian Nicolau și firma Mihul SA, condusă de dl inginer Valentin Mihul, odată cu proiectul noii clădiri. Construcția s-a realizat odată cu clădirea nouă a Seminarului, în două etape. În primăvara anului 2001 a fost turnată fundația, iar restul edificiului s-a ridicat în timp de 6 luni, în anul 2003, acoperișul realizându-se în luna noiembrie a aceluiași an. Zidurile sunt construite din cărămidă plină iar în interior pictura este realizată în tehnica fresco.
În anul 2003, după eforturi fantastice atât materiale cât și duhovnicești ale întregii comunități școlare, cu efortul financiar uriaș depus de Primăria Municipiului Iași și Consiliul Local, care au finanțat întregul proiect al noii clădiri a Seminarului, s-a încheiat prima etapă în edificarea capelei.
La 16 octombrie 2003, sub egida hramului Sfintei Paraschiva, Preafericitul Daniel, atunci Mitropolit al Moldovei împreună cu Preafericitul Hristodoulos al Atenei, prezent la sărbătoarea Moldovei în acel an, au sfințit jertfelnicul noii capele, urmând ca lucrările să fie continuate după acel moment. Sfințirea capelei Seminarului în anul 2003 marca atunci și aniversarea celor 200 de ani de la înființarea de către Mitropolitul Veniamin Costachi a Seminarului de la Socola, ca un arc peste timp. După 2003 s-au început demersurile pentru finisarea capelei.
În 2004 s-a făcut pardoseala de marmură, iar în mai 2007 au început lucrările de pictură ale capelei, finalizate în iulie 2008. Pictura fresco a fost realizată de echipa de pictură bisericească a Centrului de Conservare și Restaurare a patrimoniului de artă creștină Ressurectio al Mitropoliei Moldovei și Bucovinei, condus de părintele Cristian Muraru. Catapeteazma capelei a fost sculptată în lemn de tei de profesorul Gheorghe Gheorghiță-Vornicu din Iași. Pictura catapetezmei este realizată de firma Panselinos din Iași, condusă de dl. Bogdan Bolotă.
În seara zilei de 17 octombrie 2010, exact la 7 ani după sfințirea din 2003, Preafericitul Daniel, Patriarhul României, împreună cu Înaltpreasfințitul Teofan Mitropolitul Moldovei și Bucovinei și un impresionant sobor de ierarhi, preoți și diaconi, au sfințitit noua pictură a capelei Seminarului, binecuvântând astfel în mod solemn eforturile de edificare ale acestui extrem de important spațiu duhovnicesc.
